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构建进化树  

2009-11-06 05:49:09|  分类: Bioinformatics |  标签: |举报 |字号 订阅

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1. 序列比对: 软件 clusterX, clusterW, muscle生成各种比对文件 eg xx.phylpus  xx.nghr等

2. 做进化树: xx.phylpus  xx.nghr做作为输入文件 用相应的软件phyml 或neighborhood等软件,生成 .tree文件

3. 看树:软件 njplot: 软件打开 .tree文件即可

4:主要是如何看进化树, 

1.       sequence alignment: available software: clusterw , clusterx, muscle etc. choose to generate different file type, eg. .phlyphus , .nghrm

2.       construct a tree: available software: phyml neighborhood which should corresoponds to the alignment files from 1. then wen can obtain a file name xxx.tree .

3.       watch tree picture. Available software: njplot . input the tree files and watch the picture with njplot.

4.       most important is that you should know to how to analyze it and how to design tree making

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