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mysql sequence complementary function  

2009-12-20 03:21:31|  分类: mysql |  标签: |举报 |字号 订阅

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函数调用方法:select DDB_ID, DDB_Seq, deepmirna.complement(DDB_Seq),deepmirna.complement('AGCYYUUA')  from
deepmirna.d_db where DDB_IfRepeatFamilies=2

---函数 1

delimiter $$
drop function if exists `deepmirna`.`complement` $$
create function `deepmirna`.`complement` (seq longtext) returns longtext
begin
  declare str longtext;
  declare i int;
  set seq=reverse(upper(trim(seq)));
  set seq=replace(seq,'U','T');
  set str='';
if seq='' then
   return '';
else
  set i=1;
  while i<=length(seq) do
   case substring(seq,i,1)
   when 'A' then set  str=concat(str,'T');
   when 'T' then set str=concat(str,'A');
   when 'G' then set str=concat(str,'C');
   when 'C' then set str=concat(str,'G');
   else
    set str=concat(str,substring(seq,i,1));
   end case;
  set i= i+1;
 end while;
  return str;
end if;
end $$
delimiter ;

 

----函数 2
delimiter $$
drop function if exists `deepmirna`.`complement` $$
create function `deepmirna`.`complement` (seq char(100)) returns char(100)
begin
  declare str char(100);
  declare i int;
  set seq=reverse(upper(trim(seq)));
  set seq=replace(seq,'U','T');
  set str='';
if seq='' then
   return '';
else
  set i=1;
  while i<=length(seq) do

   if (substring(seq,i,1)='A') then
    set  str=concat(str,'T');
   end if;

   if (substring(seq,i,1)='T') then
     set str=concat(str,'A');
   end if;

   if (substring(seq,i,1)='G') then
     SET str=concat(str,'C');
   end if;

   if (substring(seq,i,1)='C') then
     set str=concat(str,'G');
   end if;
  set i= i+1;
 end while;

  return str;
end if;
end $$
delimiter ;

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