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用DDBJ在线批量去除测序载体序列  

2009-08-05 12:40:11|  分类: Perl |  标签: |举报 |字号 订阅

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use WWW::Mechanize;
use LWP::Simple;
use File::Find;
 
 
open $fileHandle,">>RemoveSeqResout.txt";

$fileHandle->autoflush(1);
 find(\&process, "D:\\xx\\xx\\");  #可以放目录
close $fileHandle;

sub process {
    my $file = $File::Find::name;
    #print $file, "\n";
    if (-d $file) {
       
    }
    else {
        if($file=~/\.seq/)
  {
    $file=~s/\\\//\\/g;
    $file=~s/\//\\/g;
    my $file2=$file;
    $file2=~s/(.+)\\//;    
    open my $seqFile,$file;
      my $str="";
   read($seqFile,$str,10000);
   $str=~s/\n//g;
   $str=~s/\W//g;
   $str=~s/\d//g;
    print $fileHandle ">".$file2."\n";
   
    $str=vecScreen($str);
   
    print $fileHandle "$str\n\n";   
    close $seqFile;  
    print $file2,"\n";
   
    sleep(3);
  }
    }
}


sub vecScreen
{
    my $seq=shift;
 my $returnSeq="";
 my $m=WWW::Mechanize->new(agent => 'MSIE'); 
 $m->get('http://vector.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html');
 die unless $m->success;
 #die unless $m->form_name("EntrezForm");
 $m->forms(0);
 $m->field("lang", 'E');  
 $m->field("result", 'www');
 $m->field("program", 'vecscreen'); 
 $m->field("database", 'ncbivec'); 
 $m->field("gap", '1'); 
 $m->field("qname", 'query'); 
 $m->field("scores", '100'); 
 $m->field("alignments", '100'); 
 $m->field("filter", '1'); 
 $m->field("wordsize", '0'); 

 $m->field("qseq",$seq);
 $m->submit;

 die unless $m->success;
 my $c = $m->content;
 #Strong match</A>:   2-32, 759-894
 if($c=~/Strong match<\/A>:\s+(\d+)-(\d+),\s+(\d+)-(\d+)/)
 {
  my $start1=$1;
  my $end1=$2;
  my $start2=$3;
  my $end2=$4;
  $returnSeq=substr($seq,$end1,$start2-$end1-1);
 }
 
 return $returnSeq;
}

 


 

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