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一条命令搞定vectorstrip  

2010-11-17 10:27:49|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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vectorstrip -sequence vector.fasta -vectorfile yes -vectorsfile vector -mismatch 10 -besthits yes -outfile af_120h_silique.fasta -outseq good.fasta
其中红色字体就是我自己所填写的参数,根据自己的需要可以设置,下面表格就是来自http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.1/emboss/apps/vectorstrip.html 里面的参数
这有什么用呢,这样可以运用于批量处理,
python中
os.system("vectorstrip -sequence vector.fasta -vectorfile yes -vectorsfile vector -mismatch 10 -besthits yes -outfile af_120h_silique.fasta -outseq good.fasta")
ipython中
!vectorstrip -sequence vector.fasta -vectorfile yes -vectorsfile vector -mismatch 10 -besthits yes -outfile af_120h_silique.fasta -outseq good.fasta
Mandatory qualifiers Allowed values Default
[-sequence]
(Parameter 1)
Sequence database USA Readable sequence(s) Required
[-[no]vectorfile]
(Parameter 2)
Are your vector sequences in a file? Yes/No Yes
[-vectors]
(Parameter 3)
Name of vectorfile Input file Required
-linkera 5' sequence Any string is accepted An empty string is accepted
-linkerb 3' sequence Any string is accepted An empty string is accepted
-mismatch Max allowed % mismatch Any integer value 10
-[no]besthits Show only the best hits (minimise mismatches)? Yes/No Yes
[-outf]
(Parameter 4)
Output file name Output file <sequence>.vectorstrip
[-outseq]
(Parameter 5)
Output sequence(s) USA Writeable sequence(s) <sequence>.format
Optional qualifiers Allowed values Default
(none)
Advanced qualifiers Allowed values Default
(none)

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