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human-related database resource  

2010-03-05 00:43:13|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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miRBASE Sanger Institute, http://microrna.sanger.ac.uk/sequences
Human fraction of REPBASE GIRI,http://www.girinst.org/Repbase_Update.html
Human tRNA  EMBL, http://www.trna.uni-bayreuth.de , Bayreuth Univ., Germany
Human snoRNA  The University of Queensland, Australia, IMB, http://imb.uq.edu.au
Human rRNA  NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov, compiled manually
Human yRNA  NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov, compiled manually
Non coding RNA  Compiled manually combining resources from NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov and IMB http://imb.uq.edu.au
VECTOR databases   NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov  
Human protein coding genes and mRNA  NCBI annotation for human genome, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov
mRNA dataset  NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov compiledmanually using ENTRES NR database exEID (exon subset of EID database) University of Toledo, Ohio, http://hsc.utoledo.edu/bioinfo/eid/
Human mitochondrial genome NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov 
Human EST database NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov 
Human viral genomes NCBI, http://www.ncbi.nlm.nih.gov, viral genomes section
E.coli genomes  NCBI, ftp://ftp.ncbi.nlm/nih.gov
RefGene Intron  UCSC, http://genome.ucsc.edu, annotation track for hg18
RefGene Exon  UCSC, http://genome.ucsc.edu, annotation track for hg18
rnaGenes UCSC, http://genome.ucsc.edu, annotation track for hg18
wgRNA UCSC, http://genome.ucsc.edu, annotation track for hg18
snoRNA database  EMBL, http://www-snorna.biotoul.fr/
Genscan MIT, http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
Computational tRNA prediction UCSC, http://genome.ucsc.edu, annotation track for hg18
piRNA   The University of Queensland, Australia, IMB, http://imb.uq.edu.au
 
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