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EST拼接方法  

2010-05-24 11:24:15|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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EST拼接方法

cDNA全长序列信息的获得­­-EST序列的拼接

一、原理:EST序列来源于cDNA文库的高通量自动测序。我们可以通过EST序列信息的拼接得到cDNA全长序列信息。

二、内容:

1)在NCBI中检索EST序列“AL120999”,作为探针序列。注意高质量段的标注(如未标注则表明都是整个序列都是高质量的)。(特别注意:拼接过程中所用到的所有EST序列都只能用其高质量段).

2)以探针序列搜索EST库得到其相关EST序列,通过“重叠——延伸”的方法使我们掌握的信息量增加。重复搜索和“重叠——延伸”过程,直至两端都不能有效延伸。

3)最后,通过拼接软件将此过程中用到的所有EST序列进行拼接,从而获得这些EST序列所属cDNA的全长序列信息。(拼接软件网址 http://deepc2.zool.iastate.edu/aat/cap/cap.html


可以选用cap3进行拼接,拼接前可以做如下预处理:去载体,去端片段重复序列,去线粒体,rRNA等,最好去除polyA尾巴,去除有效碱基小于 100bp的序列,这样处理之后得到cleanEST,就可以用于拼接了。cap3软件可直接向作者要(xqhuang@cs.iastate.edu)

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