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EST的分析工具  

2010-05-24 11:31:22|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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10月20日

 

分析EST可用的工具有很多,有些只能通过商业手段得到,如IncyteLifeTools,这里不对它们进行讨论。我们将讨论的是公开、共享的工具,它们分成三类。

?                 序列同源性搜索工具

?                 序列拼接工具

?                 序列聚类工具

序列同源性搜索工具

实际上,许多同源性搜索软件都是为处理EST而设计的,用户可以根据实际需要,对搜索序列自身或被搜索的数据库进行加工处理。例如BLAST软件包括了多个程序,可分别用来将DNA数据库翻译为蛋白质数据库(TBLASTN),将输入的DNA序列翻译为蛋白质序列(BLASTX),或两者都翻译之后再比对(TBLASTX)。使用时请注意程序的版本,因为不同版本的软件,起名称可能不同。多种软件的存在就为EST数据搜索提供了多种选择余地,以适应各种具体要求。FastA软件同样也有类似的功能。

序列拼接工具

当搜索中发现有几个EST与一个检测序列匹配时,通常这些EST序列之间存在着重叠区域,这就以为着找到了一段一致序列。一般说来,一致序列还要作进一步的搜索以找到更多的EST,以增加其准确性。这种反复的序列比较拼接就是序列拼接方法。现在已经有许多怀念好的拼接工具,如Staden软件包,TIGR软件包,Phrap等。

序列聚类分析工具

序列聚类分析工具是对序列分类的一种软件。如果不同序列之间有一段重叠序列,并且超过了规定的最小长度,这两段序列就应该能拼接到一起。对未加工的大量序列进行聚类分析,就是将大量序列通过比对或其他注释信息分成各个集合,或称各个“类”。一个可信并且有效的EST聚类机制能够大大减少数据库中的冗余信息,节省数据搜索的时间和分析结果的工作量。尤其当拿到大量EST之后,要找出这套序列包含多少个不同基因时,聚类工具就显得更为有价值了

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