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get UTR by bioperl  

2010-10-29 01:32:53|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

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use Bio::DB::GenBank;
use Bio::SeqFeature::Generic;
use Bio::SeqFeatureI;
my ($utr5,$utr3)=getUTRs('AF336283');
sub getUTRs
{
 my $id=shift;
 my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 my $seq = $gb->get_Seq_by_acc($id);
 my %hash;
 my $str;
 my $feat;
 foreach $feat ( $seq->get_SeqFeatures() ) {
     $str=$feat->location->to_FTstring();
     while($str=~/(\d+)/g)
     {
       $hash{$1}=$1;
     }
 }
 my @array=sort {$a<=>$b} keys %hash;
 return ($seq->subseq(1,$array[1]), $seq->subseq($array[scalar(@array)-2], $seq->length()));
 # print "5UTR: ". $seq->subseq(1,$array[1])."\n";
 # print "3UTR: ".  $seq->subseq($array[scalar(@array)-2], $seq->length());
}
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