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biopython  

2010-10-31 05:02:59|  分类: python |  标签: |举报 |字号 订阅

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from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet import IUPAC
myseq=Seq('GATCGATGGGCCTNATATAGGATCGAAAATCGC',IUPAC.ambiguous_dna)
#print myseq.count('G')
print myseq.tostring()
print myseq.transcribe()
print myseq.reverse_complement()
print myseq.translate()


from Bio import SeqIO
handle = open("1.fasta")
for seq_record in SeqIO.parse(handle, "fasta") :
    print ">"+seq_record.id
    print seq_record.seq.tostring()
    print len(seq_record.seq)
handle.close()


from Bio import SeqIO
handle = open("1.fasta")
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta")

first_record = record_iterator.next()
print first_record.id
print first_record.description

second_record = record_iterator.next()
print second_record.id
print second_record.description

for r in record_iterator:
    print r.id
    print r.description

handle.close()


from Bio import Entrez
from Bio import SeqIO
Entrez.email = 'xief@ecu.edu'
handle = Entrez.efetch(db="protein", rettype="genbank", id="6273291")
seq_record = SeqIO.read(handle, "genbank")
handle.close()
print "%s with %i features" % (seq_record.id, len(seq_record.features))
print seq_record.features
print seq_record.seq


from Bio import SeqIO
handle = open("1.fasta")
orchid_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(handle, "fasta"))
handle.close()
print orchid_dict.keys()

import os
os.system("perl ./test.pl")

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