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单核苷酸基因多态性(SNP)研究中的选点方法  

2011-03-11 01:00:00|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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想做单核苷酸基因多态性(SNP)绝对是个好的选择,如果点选好了,可以在一两天内就把分型搞定,如果病例-对照中意义,基本就可以写篇文章了,08年之前热不得了,很多人都一个星期能搞一篇文章出来,但是现在做一个有意义的点发篇文章出去就有点难了。不过相对于基础研究,出成果还是要快的很多的,我刚毕业的一个师兄在一年内一连发了4篇文章,总影响因子超过了10。
最近也开始接触这方面的东西,一切都在慢慢的学习,从选点开始,到酶切,tagman分型,到SPASS,SAS统计都是一个个的过程,为了学习+复习,分享一下学习到的选点的方法,进宫参考,高手勿笑。如图片不能正常显示,请看这里:http://www.ifanqie.org/archives/324.html
1. 需要的东西。两个网站:PubMed 和hapmap,一个软件:haploview
2. 在PubMed上搜索目的基因上的所有SNP,(以VHL基因为例),这个我在做。具体步骤:
1) 进入PubMed:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
2) Search栏里选择SNP,搜索框内输入想要的基因,比如VHL,点击Search。
3) 如下图选择Human标签
4)选择某个SNP示意图中的geneview:
5)进入之后选择in gene region,然后点击refresh,就显示出了整个基因上所有的snp,从5’端到3’端。如下图:
3。这里显示的是所有人群中的SNP,而我们需要选择我们目标人群中的SNP,这个就要用的hapmap这个网站了:
1) 首先打开这个网站,www.hapmap.org or http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/
2) 选择左侧Project Data栏目下的第一个:HapMap Genome Browser ( Phase 3 – genotypes & frequencies )
3) 进入之后,在“標志或區域”中输入rs号,“數據來源”phaseII那个,“保存,查詢及其它選擇”选SNP genotype date, 如下图:
点击执行,会得到该rs号在染色体上的位置,记录下来。先从5’端的第一个SNP找起,第一个没标志的话找带二个,直到找到有标志的,记录下来。然后再从3’端最后一个SNP找,找到标志记下来,例如在VHL上。5’端第一个SNP没有标志,第二个SNP的标志是:chr3:10157090..10157090,把它下来,3’端的最后一个SNP的标志是:chr3:10169233..10169233,把他也记下来,然后用5’的标志位开始,3’的标识为结尾,重新组成一个标志:
5’:chr3:10157090..10157090
3’:chr3:10169233..10169233
重新组合后:chr3:10157090.. 10169233,
把这句话复制到hapmap中的标志和区域,然后点击右侧的配置,Population一定要选对,中国汉族人群为CHB,选择 Save to Disk,点击之后就可以下载到一个文件,然后用haploview把这个文件打开。
1. 打开之后就是在中国人群中的SNP,至于怎么选择,存在很多标准,可以参考一些文献:我们实验的选择表中是:位于功能区:5’UTR, 5’near gene,exon,3’UTR, 内含子的一般不选,有文献报道和相关疾病有联系的点,MAF>0.05,中国人群。
2. 希望能有帮助。
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