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LSF linux 集群 提交命令  

2011-08-04 00:03:04|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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leon.sh
#!/usr/bin/csh
#BSUB -o ./log.log -e ./err.err
#BSUB -W 10
#BSUB -n 1
#BSUB -J xief
#BSUB -m Jasta
perl ./test.pl  
exit


提交作业 bsub < leon.sh


LSF 使用 bsub 命令来提交作业。
bsub 命令常见用法如下:
bsub –n z –q QUEUENAME –i inputfile –o outputfile COMMAND
其中z代表了提交作业需要的cpu数,–q指定作业提交到的队列,如果不采用–q选项,系统把作业提交到默认作业队列。
inputfile 代表程序需要读入的文件名(例如 namelist等),outputfile 代表一个文件,作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。COMMAND是用户要运行的程序。
(1)对于串行程序COMMAND可以直接使用用户的程序名
例如,对一个串行作业mytest, 提交方式为:
bsub –n 1 –q debug –o mytest.out ./mytest
(2) 对于并行作业COMMAND为“mpirun.lsf 程序名”
例如对于一个72个小时内完成,使用16个cpu的并行作业mytest,提交方式为:
bsub –n 16 –q normal –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest
例如对于一个72小时内完成,使用64个CPU的并行作业mytest,提交方式为:
bsub –n 64 –q hpc_linux –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest
bsub 命令可以使用输入脚本提交具有相同参数的作业,格式为:
该脚本的参数与命令行
“ bsub –n Z –q QUEUENAME –o outputfile COMMAND”参数相同。
提交时为 bsub < 脚本名
例如要提交一个72小时内完成,需要16个cpu的并行作业mytest,可以编写作业脚本 bsub.scriptfile
#BSUB –n 16
#BSUB –q normal
#BSUB –o mytest.out
mpirun.lsf ./mytest
作业提交方法为:bsub<bsub.scriptfile 

几个常用的指令:
bjobs 检查提交作业状态
bjobs
bjobs -w
bjobs –r 显示正在运行的作业
bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业
bjobs -p 显示等待运行的作业和等待原因
bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因
bjobs -l 显示该作业的所有信息
bhist 显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况
bhist <jobid>
bkill 删除不需要的作业
bkill <jobid>
bkill –r <jobid>
bpeek 当作业正在运行时显示它的标准输出,监视作业运行
bpeek <jobid>
bqueues 显示队列信息
bqueues
bqueues –l <queue name>
bhosts 显示各节点作业相关情况
bhosts
bhosts <hostname>
lsload 显示各节点负载信息
lsload
lsload <hostname>
lshosts处理各节点静态资源信息
lshosts
lshosts <hostaname> 

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