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测序数据分析之工具大全  

2011-09-20 10:11:51|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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测序确实是越来越快,也越来越便宜了。随着个人型测序仪的不断上市,许多实验室也跃跃欲试,准备开展这方面的研究。然而,前辈告诉我们,测序并不难,真正困难的工作是数据分析。

目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法,但是该选哪一个呢?许多序列分析的专家认为,这取决于基因组的大小、读取有多长,以及采用的是哪种测序技术。通常,软件还需要优化,以满足每个实验室的独特需求。
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在《测序数据分析之专家指南》系列文章中,多位专家推荐了他们心水的软件工具。在此,我们整理了这些数据分析工具的信息,供大家参考。

Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer: http://mummer.sourceforge.net

SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools,包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI数据分析软件:http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的软件:http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM测序仪的社区:http://www.iontorrent.com/forum/

另外附上一些精选的数据分析工具:

名称
链接
评论
基因组重测序
 
 
Bwa
http://bio-bwa.sourceforge.net
比对工具
Dindel
http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel
小的插入/缺失发现
Erds
http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm
拷贝数变异发现
Pindel
http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/
小的插入/缺失发现
Samtools
http://samtools.sourceforge.net
操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzer
http://www.svaproject.org
在基因组背景下显示变异
Chip-Seq
 
 
Findpeaks
http://vancouvershortr.sourceforge.net
 
RNA-Seq
 
 
Cufflinks
http://cufflinks.cbcb.umd.edu
测定转录本丰度
Tophat
http://tophat.cbcb.umd.edu
剪接点定位
De Novo 拼接
 
 
Oases
http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/
根据转录组数据拼接
基因组浏览器
 
 
Integrated Genome Browser
http://www.bioviz.org/igb/
 
Integrative Genomics Viewer
http://www.broadinstitute.org/software/igv/
 
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