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parsing pubmed retrieval dataset  

2012-05-21 11:56:53|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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#用efetch perl api 返回数据,但是不方便解析。
#最好网页查询,然后download为xml文件,用XML::Simple 解析
# use XML::Simple;
# $ref = XMLin('content.txt');
# use Data::Dumper;
# print Dumper($ref);

use XML::Simple;
use Data::Dumper;
$xml = new XML::Simple (KeyAttr=>[]);
#$data = $xml->XMLin("data.xml");
$data = XMLin(("content.txt"),forcearray => ['PubmedArticle']);
foreach $e (@{$data->{PubmedArticle}})
{
#title
print $e->{MedlineCitation}->{Article}->{ArticleTitle}, "\n";
#year
print $e->{MedlineCitation}->{Article}->{ArticleDate}->{Year}, "\n";
#abstract
print $e->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{AbstractText}, "\n";
#journal
print $e->{MedlineCitation}->{Article}->{Journal}->{Title}, "\n";
#pubmedID
print $e->{MedlineCitation}->{PMID}->{content}, "\n";
print "\n";
}
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