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how to set up Circos to draw biological graphics  

2012-06-30 02:11:26|  分类: Bioinformatics |  标签: |举报 |字号 订阅

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1. download Circos from http://circos.ca/distribution/circos-0.62.tgz 
2. extract the package in Linux(my system is Ubuntu)
3. set up required modules of Perl
you can install them in cpan:
Config::General (v2.50 or later) GD GD::Polyline List::MoreUtils Math::Bezier Math::Round Math::VecStat Params::Validate Readonly Regexp::Common Set::IntSpan (v1.16 or later) Text::Format
Font::TIF:Font

sudo cpan
install Config::General

4.test the env
which env
/usr/bin/perl 
Update the files ./bin/circos and ./bin/gddiag with  #!/usr/bin/perl

5.run circos by ./bin/circos -man
 ./software/circos/circos-0.62/bin/circos

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