注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

Bioinformatics home

 
 
 

日志

 
 

系统生物学里一个画图工具Circos-简介及安装入门教程  

2012-09-25 08:14:44|  分类: 默认分类 |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
Circos特别适合展示基因组不同基因,genomic locus之间的相互作用,它的使用范围却不只仅限于生物领域,它可以用来很好的显示物体之间以及不同位置之间的相互作用关系。Circos是连接组时代的优秀可视化工具。
Circos主页的网址:
http://mkweb.bcgsc.ca/circos/
  1. 安装前的一些准备
    • Config::General
    • File::Basename
    • File::Spec::Functions
    • GD
    • GD::Polyline
    • Getopt::Long
    • IO::File
    • List::Util
    • Math::Bezier
    • Math::BigFloat
    • Math::Round
    • Math::VecStat
    • Memoize
    • Params::Validate
    • Pod::Usage
    • Readonly
    • Set::IntSpan
    • Regexp::Common

    首先,Circos是基于perl的,所以无论是linux还是windows都要求先装上perl,由于我通常工作都是在win下面进行,所以这次以在win下面安装为例。

    我选择Strawberry Perl:http://strawberryperl.com/

    在win下面安装可以少一些痛苦。一切默认安装进行,OK。

    比较痛苦的是为Perl安装各种模块,官方要求的模块就包括以下:

    安装过程中发现还要再安装

    不幸中的万幸,Strawberry提供了一个CPAN Client的命令行界面,可以在线下载并安装,具体命令就是三步曲:

    get Config::General

    make Config::General

    install Config::General

    Anyway,把以上的都装好之后,就可以进入下一步了。

  2. Circos的安装

    首先将Circos的安装包(circos-0.54.tgz)下载下来:http://mkweb.bcgsc.ca/circos/software/download/

    所谓的安装其实很简单,就是把压缩包直接解压到你想要安装的路径即可。

  3. Circos的基本工作流程

    在画图之前有必要先介绍一下Circos的基本工作流程。Circos的配置文件circos.conf对程序的运行有着决定性的作用,里面定义着Circos工作的各种参数,主要包括画图的类型,颜色,字体,IO File的路径等等。

    当然,data对于Circos也非常重要,Circos读入的data都是文本文件,格式是每行:

    chr start end value [options]

    value一般是颜色,也可能是文字(作为标签),详细定义请参见:http://mkweb.bcgsc.ca/circos/tutorials/lessons/2d_tracks/connectors/configuration

    另外,Circos的安装包里的data目录下有各种data文件可供测试。

  4. 用Circos来画出你的第一个基因组图谱

    首先命令行cd到Circos的安装目录下:

    cd circus-x.xx

    下面采用tutorials里面的一个例子来作图:

    perl .\bin\circos -conf .\tutorials\5\1\circos.conf

    如果界面在一阵数据刷屏之后显示:

    created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.png
    created image at D:/Software/circos-0.54/circos-tutorial.svg


    系统生物学里一个画图工具Circos-简介及安装入门教程 - Andy - Andys Blog
  评论这张
 
阅读(2324)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017