注册 登录  
 加关注
   显示下一条  |  关闭
温馨提示!由于新浪微博认证机制调整,您的新浪微博帐号绑定已过期,请重新绑定!立即重新绑定新浪微博》  |  关闭

Bioinformatics home

 
 
 

日志

 
 

Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux)  

2012-10-09 02:10:03|  分类: R |  标签: |举报 |字号 订阅

  下载LOFTER 我的照片书  |
R的包(package)通常有两种:
1 binary package:这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)。



.libPaths():查看包的安装目录
library()查看已经安装的包目录
library(mypackage):载入mypackage包
getOption("defaultPackages"):查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage'):查看‘mypackage’的帮助
       args(function):查看函数的参数
       example(function):自动运行该函数帮助文档中的例子,很赞!
       demo("package"):展示一些包中demostration,需要再看下??
vignette('mypackage'):有的包,特别是bioconductor的包有vignette,用函数查看
openVignette('mypackage'):这个函数也可以查看vignette,更好用一些
RSiteSearch("helpinfor"):搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start():查看已经安装包的详细HTML文档,这个命令非常爽
更新:
search():查看当前载入的包
sessionInfo():查看R中载入的包
methods():查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法(S3:S version 3)
showMethods(class = "myClass"):查看S4类的方法
findMethods("myMethods"):查看method的代码
class(myObject):查看某个对象的类
getClass(“class/package”):查看某个class或者包的具体内容
getSlots("class"):查看某个class的slot
slotNames(MyObject):查看某个对象的slot。
可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值,这个@设计实在是太爽了,可以连续用。

查询包内信息:1. ?function/method:查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
                         2. class?graph::graph:查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候,查看其中class的信息,输入??graph后出现一个graph::graph-class
ls("package:mypackage"):查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1 在终端输入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法,需要解决包依赖问题,即安装此包所依赖的包,安装过程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函数安装(没有尝试安装)
   回答:可以使用install.packages()函数安装,而且比较简便,即联网即可装,装了就可用。
   # R
   > install.packages('mypackage')
   回答2:可以使用install.packages()安装本地下载的包,尤其适用于在服务器上安装包
   $ R
   > install.packages( c("XML_0.99-5.tar.gz", "../../Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))

3 Bioconductor的安装方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

4 卸载package
remove.packages("mypackage")

5 查看R及其package的version
R version: version 或者 R.version
R package version: 

6 更新包
update.packages( )  可以定期执行以下
参考网址
<http://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html#Where-are-the-packages-I_0027ve-installed_003f>
<http://azaleasays.wordpress.com/2008/05/01/install-r-packages/>
<http://math.usask.ca/~longhai/software/installrpkg.html>%
  评论这张
 
阅读(1751)| 评论(0)
推荐 转载

历史上的今天

在LOFTER的更多文章

评论

<#--最新日志,群博日志--> <#--推荐日志--> <#--引用记录--> <#--博主推荐--> <#--随机阅读--> <#--首页推荐--> <#--历史上的今天--> <#--被推荐日志--> <#--上一篇,下一篇--> <#-- 热度 --> <#-- 网易新闻广告 --> <#--右边模块结构--> <#--评论模块结构--> <#--引用模块结构--> <#--博主发起的投票-->
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

页脚

网易公司版权所有 ©1997-2017