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MapInspect 画染色体mapping 图  

2014-04-08 03:03:40|  分类: 生物信息编程 |  标签: |举报 |字号 订阅

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使用说明

第一步:文件的准备。所有基因的起始位置以及所在染色体的长度(MB),在excel表格中整理成如下格式:比如染色体1中的基因HMGR1

chrom   1

HMGR1            48.53777

mtmt1   55.9156


##############################################################################

#chrom   1  染色体起始位置

#HMGR1            48.53777

#mtmt1   55.9156  (染色体长度)

然后分染色体分别复制粘贴进txt文件中,并修改文件后缀名为MAP

第二步:初步画图。打开MapInspectFile/Load Mapfile,将上一步准备好的文件全选,全部导入。

第三步:参数修改。点击第二项Data Edit,然后点击特定基因,在markername中填入大写,position中把对应位置(基因对应的括号内)填写,这样就把该基因小写变成大写,依次修改;点击setting,可以修改染色体之间距离以及基因名字的大小。

第三步:保存。点击Export/Save image as jpeg

第四步:PS。利用photoshop将每条染色体的最下面的mtmt抹掉,并修改染色体对应的名称。

ps: 每条染色放一个文件,添加多个文件,就添加多个染色体

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